針對台電與中油在環保署的默許下，計畫在雲彰地區進行二氧化碳地底封存，李應元認為這將汙染地下水，並破壞地層結構的穩定性，再加上台灣地震頻繁，根本不適宜。環保署在環評前就進行黑箱作業，恐將成為破壞環境的推手。
李應元說，工研院對此有研究的專家向他表示，國外在進行二氧化碳封存時，大都選在開採完畢的石油井或天然氣井。先抽取石油天然氣，再回填二氧化碳，因此環境衝擊小。但雲彰沿海地區並無石油天然氣可開採，突然灌注高壓的二氧化碳進地層，當然會影響地層結構。這在地震頻繁的台灣，風險極高。
此外，這些從煉油廠或火力發電廠煙囪排放出來的二氧化碳，一定夾雜大量的重金屬、硫氧化物與氮氧化物。注射到地層下之後與地下水接觸，一定會嚴重汙染地下水。這對不管是民生用水，還是農業用水都仰賴地下水的雲林，真是一大浩劫。
李應元說，一旦台電與中油進行大量二氧化碳封存時，屆時油價與電價將大幅飆升，因為二氧化碳封存的成本太高。根據國外經驗，目前封存1公噸的二氧化碳成本超過100美金。依此計算，未來每度電至少要飆升2元以上。