馬英九並指出,對於兩岸關係,政府的決策程序是「先急後緩、先易後難、先經後政」;在他未來剩下不到3年任期的兩岸工作重點包括「擴大與深化兩岸交流」、「兩岸互設辦事機構」與「修正兩岸人民關係條例」等3個方向。
對於兩岸互設辦事機構一事,馬英九表示,希望能在北京、上海、廣州設辦事機構,功能包括申請證照、探視等,一方面幫助台商,另一方面也能解決申請證照等諸多問題。馬英九指出,中國大陸還是憲法上的國土,所以政府不可能承認在國土上還有另一個國家,因此,兩岸間主權互不承認,但治權互不否認,用這樣的方式能夠解決目前的困難。
馬英九強調,兩岸關係不是國與國的關係,而是很特殊的關係;推動兩岸關係也是希望中國大陸能了解台灣的存在是不能忽視的事實,不要在國際間打壓台灣,造成反感,反而對兩岸關係發展不利。他並指出,有了好的兩岸關係發展,台灣和各國的關係也有所改善,現在對美、對歐、對日都是有史以來關係最好的時刻。