衛生署食品藥物管理局表示，他們在今年2月4日聽說可能有非法的「順丁烯二酸」物質被違規使用在部分食品中，食藥局同仁立刻主動積極調查，但部分被抽查出有問題的廠商第一時間沒有吐實，加上不同梯次產品不一定都檢驗出含有問題澱粉，衛生單位必須再次稽核，這些都需要時間確認。
衛生署強調，調查過程最重要是確認問題澱粉的源頭來自哪裡，擴及面有多大，並掌握確實事證，才能真正找出問題所在，徹底解決，衛生署絕對沒有隱匿事實。食品藥物管理局組長蔡淑貞說：『(原音)說衛生署是不是隱瞞，真的沒有！衛生署的目的真的是要找出問題所在；而且還有我們的是一旦發生有問題，所在的產品就立刻下架。』
針對外界批評食藥局應該在第一時間就揭露真相，讓民眾有選擇要不要吃的權利。食藥局表示會虛心接受各界指正，並檢討改進。