2010年縣市合併改制後，6都轄內的原住民「鄉」成為原住民「區」，喪失原先具有的公法人地位，區長也由原本的民選改為官派。因此，多名立委提出「地方制度法」部分條文修正草案，要求在原住民族自治法草案完成立法前，應增訂法條，恢復直轄市原住民地區自治的權力。
對此，內政部長李鴻源回答國民黨立委江啟臣質詢時表示，若創設新的「直轄市原住民區」，地方制度將有重大改變，這也牽涉財政收支劃分法、公共債務法、公職人員選舉罷免法等相關法律。因此，內政部日前已邀集相關部會及各直轄市政府開會商討，在地方制度法設專章解套，重新賦予原住民區自治，並已送行政院核定，希望最快在明年底「7合1」選舉前實施。他說：『(原音)(江啟臣：這個制度你們預定可以多久創設出來？)政策要做的話，我們希望是在復興鄉消失以前。(江啟臣：那就是明年選舉以前嘛？)對，假如政策決定要做，我們一定會在明年年底以前，一定會把所有的法定程序走完。』
由於縣市改制後，原山地鄉的人員、組織已改為隸屬直轄市政府，原有的資產、負債及其他權利義務也都由改制後的直轄市概括承受。李鴻源表示，相關人事及預算要如何調整還需各方討論，但他強調，預算不會因此增加。
不過，主推此案的無黨籍立委高金素梅認為行政院沒有解決的誠意，至今沒有提出實際解決方案，她要求主管機關原民會應態度強勢；原民會主委孫大川表示，若無法回復原住民自治，他會下台以示負責。