菲國度假勝地長灘島所受衝擊最大。觀光部報告顯示，從五月廿日至六月卅日，往返台灣與長灘島旅運服務機場「卡利波國際機場」包機，至少取消四十三個航班。據統計，去年赴當地觀光的台灣客逾九萬人，僅次於南韓遊客。
菲國華裔富商蔡其仁經營的廉價「飛龍航空公司」已在上周停飛長灘島─台北每日直飛包機。該公司說：「台灣漁民喪生的不幸事件，正由菲台雙方政府調查中。希望此事能盡快獲致解決。」
菲國華裔富商吳奕輝的「宿霧太平洋航空」，廿八日也在臉書網頁宣布，基於台灣對菲國全境發布「紅色」旅遊警示燈號，原訂七月五日啟航的每周兩班宿霧─台北直飛服務已無限期延後。