針對廣大興28號漁船事件，台菲基於日前簽署的司法互助協議，互派調查團到對方國家調查相關證據。法務部次長陳明堂在立法院外交及國防委員會報告時表示，雖然這項司法互助協議仍需由立法院審議，目前尚未生效；不過台菲雙方仍然可以基於其精神，進行合作調查，沒有影響。陳明堂：『(原音)不過，在我國雖然還沒生效，但按照這個精神，確實按照這個精神來請求司法互助，而且目前是沒有障礙的。』
陳明堂表示，行政院會上週才通過這項協議，根據「條約及協定處理準則」，涉及人民權利義務者需請立法院審議；所以目前台菲司法互助協議雖然已經簽署，但還沒正式生效。
另外，陳明堂也表示，台灣的調查團抵達菲律賓後，已經到菲律賓國家調查局開會討論相關行程，預計今天(27日)驗槍，明天(28日)開始驗船，後天(29日)將檢視影帶，並透過菲國人員詢問證人及嫌犯。