「台灣調查團下午進行驗槍，預計明天登船勘驗」，菲律賓國家調查局副局長曼德斯（Virgilio Mendez)受訪表示，台灣調查團至少會在菲律賓停留3天，可視情況延長。媒體詢問，是否會讓台灣調查團檢視案發錄影？他說，只要調查團提出要求就會准許。
台灣調查團由屏東地檢署主任檢察官林彥良領隊，成員包括刑事警察局鑑識專家技正李經緯、測謊專家林故廷、國際刑警科組長李佳進等人，他們抵菲後隨即前往國家調查局。
根據刑事局日前在台灣所做的初步鑑驗報告，從廣大興28號船身彈孔判斷，涉案槍枝口徑應為7.62mm，研判可能是M14步槍、M240及M60機槍，但也不排除是其他適用7.62mm口徑槍枝造成。
因此，調查團將比對涉案槍枝的彈道及型號、口徑是否吻合初步鑑驗結果，除了解當時海防人員所使用槍枝，並希望帶回彈殼等證物鑑驗。
調查團16日赴菲律賓調查碰壁而無功而返，台灣與菲國達成共識，菲國同意台灣所提登船驗槍、檢視事發錄影、提供航程紀錄、協助詢問涉案人員等10項司法互助請求。