台灣與菲律賓的司法機關一向關係良好，不管是檢察官、警方還是調查官，彼此間交往頻繁，否則菲律賓也不會是少數與我國簽有「司法互助協定」的國家之一，只是數十年來彼此間的友善關係，卻因廣大興廿八號漁船槍擊案而一夕變天，台菲雙方下一步該怎麼走，值得玩味。
對台灣人來說，漁民數十年來到巴士海峽等我國經濟海域捕魚，飽受菲國、越南等國海巡船騷擾甚至勒索，有時還被捕入獄，經常須透過台僑幫忙拿錢贖人，早已不是新鮮事，這次「廣」案不過是民怨累積已久的導火線。
台菲兩國一衣帶水，彼此關係密切，想切割也切割不了，因此雙方都應好好坐下來談一談要如何處理「廣」案，而不是淪為意氣之爭，互相不甩對方的司法人員，此舉對台菲都不是好事，也讓彼此僑民都可能成為民族情緒高漲下的受害者。
在台灣方面，如菲方未來釋出善意，真要派出調查小組到台灣蒐證，在平等、互惠的前提下，我方應給予協助，千萬不要以牙還牙，故意讓菲方調查小組來台後再宣布破局。
對菲律賓來說，也應從人本角度考量海巡船的執法技巧，畢竟人命關天，既然菲國現在對台灣傳出毆打或騷擾菲勞事件相當憤怒，就應想到當初海巡船對台灣無武裝漁船亂槍掃射，躲在機艙內的漁民是多麼恐懼和無助。要想制止類似悲劇再度發生，最好的方式就是嚴懲開槍的海巡隊員，才能產生警示作用。