馬總統在總統府接見「2013世界國際法學會亞太論壇」與會學者等人時，再度提及菲律賓公務船射殺台灣漁民事件。
總統說，菲律賓政府的船舶在我國的經濟海域開槍掃射我國的漁船，造成1人死亡、漁船受到重傷的悲劇，雙方正在就這個議題進行相關交涉。從這些地方可以凸顯解決國際爭端要用國際法。
總統表示，我國跟菲律賓在南海上專屬經濟區有非常重大的重疊，在過去幾十年當中，台灣漁船也經常在作業時受到菲方的登臨檢查，甚至於帶回處理罰款，有幾次台灣漁民被殺害，上次是在2006年，因菲國堅持不讓他們的人來台灣受審，以致於案件不了了之，這次不幸事件又發生了，一方面感到遺憾，一方面也非常的憤慨。
不過，總統說，當菲律賓總統透過馬尼拉經濟文化辦事處主席表示歉意時，卻說是對這一個非蓄意的生命損失，這樣說法，我方沒辦法接受的。如果公務船用自動武器去掃射沒有武裝且也沒有挑釁的漁船，已經不是執行公務了，是冷血的謀殺。
總統說，政府會繼續跟菲律賓交涉，也希望大家都能夠很冷靜的、很和平的把這個問題解決，避免傷害雙方的關係，但是國際正義一定要得到彰顯，國際間不可以用武力來解決問題的原則必須要維繫。
此外，總統也要求治安單位必須保護在台灣工作的將近8萬多的菲國勞工，不要因為這件事情而受到無謂的傷害，希望這個爭議能夠很快的落幕，讓雙方都能夠回復正常的生活，但總統強調，台灣方面提出的4項合理的要求必須要能夠得到正面的回應，並且能夠符合要求的內容，包括正式道歉、賠償損失、徹底調查、並且懲罰凶手，最後商談漁業協議。