中華民國政府不滿菲國處理射殺台灣漁民事件態度，5月16日由海軍的紀德級、康定級軍艦與海巡署艦艇，在台灣南方海域舉行操演，艦隊並首度越過北緯20度的護漁南界，包圍巴丹島海域。
有媒體報導台菲因漁船槍擊事件僵持不下，中國大陸東海艦隊13日通過巴士海峽，前往南海進行訓練，應是藉機向菲國施壓。
軍方官員透露，東海艦隊確實通過巴士海峽，並穿越巴丹島海域，時間與媒體所披露的時間「差不多」，陸艦沒有進入中華民國的防空識別區。
不過對外傳東海艦隊實彈演習的說法，軍方官員持保留態度。軍方官員表示，各國要在公海實彈射擊，事先得發布飛航與射擊公告，這是國際法律規定，「不能說你高興怎樣就怎樣」。