行政院長江宜樺16日主持行政院會，外交部在會中報告菲律賓事件處理後續，各部會及地方首長都展現高度支持及配合。法務部長曾勇夫表示，我方檢察官今早已組團赴菲律賓進行後續調查，不只要追究加害人個人的賠償責任，也將要求菲國政府負起賠償責任。
江宜樺表示，政府現在面對的是一個制度、作風與台灣相當不同的國家，這件事反映兩國在過去數十年來交涉上所面對的結構性困境，因此，政府決定把這次爭議當成台菲交涉的重要轉捩點。
江宜樺指出，現在各部會已配合國安會及行政院對菲國進行11項制裁，就目前觀察，菲國恐怕不會在短時間內做出回應，因此他要求相關部會做好持久準備，相關制裁可能會持續一段時間。行政院發言人鄭麗文轉述：『(原音)希望所有部會立場堅定，做好持久準備。因為就目前的觀察，菲律賓或許不會在很快的時間裡做出回應，這些制裁的措施有可能要持續一段時間，要做好心理準備。』
江宜樺表示，他已跟總統討論過，若必要時，不排除啟動更進一步的制裁措施。他也強調，中華民國在國際社會中是和平愛好者，從來不會主動挑起爭端，廣義的南海是相關各國在政治上的敏感地區，就此事而言，我方完全站在有理的一方，因此政府一定會據理力爭、堅持到底，維護國家主權及漁權。
江宜樺也再次呼籲國人保持理性，針對菲國政府採取強硬立場，但對於在台灣的菲國人民及勞工則要善盡保護責任。