2009年至2013年執行的第1期程「能源國家型科技計畫」5年經費為新台幣247億元，探索台灣各項潛在可開發的再生能源。但不少立委認為，計畫第1期程的成果僅是初步研究階段，包括產出1萬560篇論文、培養近萬名碩博士生，沒有實質效益，太過浪費。
國科會主委朱敬一備詢時表示，他認為第1期計畫「及格」，在技術創新方面專利獲得1,007件、技術移轉1,069件、技轉金也達新台幣12.7億元；至於論文部分，可以再檢討。
朱敬一強調，如果沒有初步研究，就不會知道台灣哪裡有潛在能源；第2期將直接進行實際開發，由經濟部次長杜紫軍做計畫總主持人。他說：『(原音)現在比較成熟的(技術)就是太陽光電跟風力，廢棄物能還可以，可是將來的東西，現在沒有人講的定。所以我們探測可行性，找到一些重點，開始去做，但真正做到商轉要配合國際的技術，國際技術到什麼地步才有可能商轉。』
朱敬一強調，第2期計畫一定要繼續做，否則才是浪費經費，但再生能源要多少年才能實際商轉，則要看國際技術決定。