被點名的中國醫藥大學校長黃榮村立即宣布辭職，「以維護學術清譽」，否則「將置中國醫藥大學全體師生於不義，社會與教育學術是非也不能彰顯」。他並且強調「大學是社會正義的最後堡壘，不忍學術尊嚴被無知踐踏」。我們認為，黃榮村借「門神」問題以及雙薪風波引出人們對大學理念的注意，是這個爭議比較有價值的部分。我們也願意藉此機會，重新回顧大學的理念，並以此反思今日台灣的高等教育。
在人類漫長的歷史，曾經出現各式各樣的社會機構，如教會、宗族、行會等等，其中只有大學這種社會機構，不因戰亂、改朝換代、政治革命等等巨大社會變遷而消失。事實上，自從12世紀近代大學在歐洲建立以來，8、9百年的歐洲經歷了多少曲折，許多顯赫的家族、不可一世的企業，於今都不復存在。只有「大學」這種社會機構永遠是歐洲任何時代不可或缺的組成部分。
我們借美國教育學家福列克斯那的論述說明此一特色。他指出，「今天的世界充滿著傳統、善與惡、種族混合、民族主義與國際主義的對抗、商業利益、追求正義或邪惡的巨大物質力量、解放了的工農、不安的東方人、喧囂的城市、衝突的哲學──在這動蕩的世界，除了大學，哪裡能夠產生理論？……哪裡能夠傳授真理而不顧是否受到歡迎？……人類的智慧至今尚未設計出任何可與大學相比的機構」，「如果大學不能接受挑戰，還有其他什麼機構能夠或願意接受這一挑戰？」可以說，西方創立了大學這種社會機構，是西方世界能夠主導近代人類文明發展的主軸。
正是基於這份理解，「大學自主」成了西方文明的一個特色。在英國，大學校長不受英國議會的質詢，即便獲得政府經費的補助。理由很簡單：政客們的質詢必然導致政治對教育與學術的干預，這將違背大學自主的精神。學術與教育的自主，類如三權分立，是一個國家立國的基礎。所以福列克斯那說，「大學是民族靈魂的反映」。我們雖然引入西方的大學制度，但是對於大學的「靈魂」卻缺乏體會，政治力不斷干預教育與學術，完全忽略了大學的理念。「門神」風波背後凸顯不懂大學理念的政客們恣意干預大學。