花蓮自強外役監、花蓮監獄和花蓮看守所可說是花蓮「居住人口密度」最高的地方之一，獄方和所方為防堵H7N9疫情傳入，已進行演練，全力加強防疫措施。
花蓮地區的獄方和監所指出，人員進出監所早已實施額溫檢測，只要發現有人員體溫過高，都會限制進入戒護區，不論是警方、檢察官都必須接受體溫檢測，收容人借提問訊進出監所也一樣要量測體溫。
花蓮的監所表示，如果受刑人或收容人出現感染情形，經醫師檢查確認後，會戒護送到署立花蓮醫院就醫，監所內也會採取隔離措施。
對於受刑人或收容人家屬面會的情形，花蓮監所指出，因面會並無實際接觸，所以比較不會發生問題，但自強外役監的受刑人可以外出探親，感染的風險比較大，獄方會加強受刑人體溫檢測等防疫措施。
在飲食的防疫措施方面，花蓮看守所暫時禁止雞鴨等禽類食物進入，收容人家屬準備的飯菜，所方呼籲盡量以豬肉和牛肉為主。
花蓮監獄和花蓮自強外役監未禁止禽類菜餚，但所有菜餚在進入前都必須檢查。