行政院強調，為加速我國經濟自由化的進程，提升我國國際競爭力與產業生產力，自由經濟示範區規劃方案將以自由化、國際化與前瞻性為核心理念，大幅度的進行人流、物流、金流等法規鬆綁，並提供土地與租稅等配套措施，吸引國內外資金。
此外，行政院表示，未來在示範區將優先發展包括智慧運籌、國際醫療、農業加值與產業合作等經濟活動，加速我國產業結構之轉型。為掌握時效，示範區將以現行自由貿易港區結合鄰近園區做為優先推動地點，俟完成特別法立法，則可由中央或地方申設。
為統籌協調自由經濟示範區推動事宜，整合跨部會資源，行政院強調，通過之「行政院推動自由經濟示範區計畫專案小組設置要點」，將由院副院長毛治國擔任召集人，以本院層級之跨部會平臺，審議示範區發展重點、推動措施、法規調合、營運環境、區位選擇、預算編製等具體規劃事項，並協調整合各項推動事宜，以加速臺灣經濟自由化之落實。
經建會正協調各相關部會，針對智慧運籌、國際醫療、農業加值與產業合作等經濟活動研提行動方案。行動方案預計在6月由示範區計畫專案小組完成審議作業後，由經建會整合納入推動計畫，並於7月底前陳報本院核定，第一階段自由經濟示範區即可啟動。