警方在韓茂賢住處槍擊案發生後，即鎖定吳昌運涉有重嫌，因為線報指出吳失去議員光環後鬱鬱不得志，甚至傳出染上毒癮、性情大變，對造成他被解職的韓懷恨在心。
除了槍擊案，吳在99年8月間幫人討債，逼迫葉姓老翁簽立600萬元本票，恐嚇「沒拿到錢，那再來開槍，再來打死你們」，老翁憂鬱、恐懼，四處躲藏不敢回家，同年10月自殺身亡。
99年10月27日，吳因苗栗縣三義鄉一件違建拆除案，率眾到鄉公所理論，當眾對秘書宋國禎辱罵「王八蛋」並以鐵椅朝宋丟擲，這兩案後來被苗栗地院判刑5個月。
100年3月，苗栗縣三義鄉長補選結果，吳妻鄭淑如落選，吳質疑選舉不公，認為苗栗檢調在選前大動作針對妻子陣營查賄是刻意打壓，揚言召開記者會宣布辭去縣議員職務抗議，後來支持者群起慰留，才打消辭意。 （記者彭健禮、傅潮標、林欣漢）