至於綠營立委炮轟，先立法後協商刻意迴避國會監督，且無法保障我方權益，未來談判我方恐若入「西裝換內褲」的窘境。王郁琦則澄清，兩岸關係變化非常迅速，相關彈性作法是為爭取時效性。基本上，陸委會希望立法與協商能夠同步進行，亦強調後續協商內容會送立院監督。
王郁琦強調，草案精神在於「對等原則」，未來談判過程中，倘若陸方不願意賦予我方同等權利，即便立法通過，那麼我方也將一概不認。
談及未來兩岸互設辦事處數量，他指出，考量到海基會人力資源，初期規劃在北京、華東、華南設立一個辦事機構，未來會再視情況增加數量。
此外，有媒體質疑，部分台灣人士在中國大陸違法擔任公職，陸委會竟然沒有裁罰，王郁琦表示，經過內政部、經濟部與農委會等主管機關認定，北京市台商協會副會長黃紫玉等六人不予處罰，另有內政部尚在查處廿二人，經濟部查處二人、農委會查處二人。
最後經朝野協商後，將建請內政委員會兩位召委協商，並視情況安排草案進行審查或審議。