根據台日漁業協議確定成立的「台日漁業委員會」，是由台灣亞東關係協會及漁業署、以及日本交流協會及水產省各自派出2名代表組成，每年舉行1次年會，並可召開臨時會，持續討論協議未能完成的事項，並做為協議爭端的排解機制。有關各委員會的決議，必須經過全體出席委員一致同意。
農委會主委陳保基15日赴立法院經濟委員會，針對台、日簽署漁業協議進行相關報告。陳保基指出，「台日漁業委員會」可望在4月下旬舉行首次會議，持續研討雙方仍有爭議的項目。陳保基說：『(原音)漁業委員會的開會，我們希望在這個月的下旬能夠順利的召開，持續對於台、日雙方的漁業權、漁業資源保育，以及共同關切的漁業資源的事項進行系列的研討。』
由於台日漁業協議是針對釣魚台12浬外的台、日漁船作業範圍達成的協議，陳保基在回答立委質詢時也表示，對於協議以外的北緯27度以北、先島諸島以南海域，以及釣魚台列嶼12浬內的區域管理，也會落實在漁業委員會後續的協商。