--民國85年5月，日本制定「專屬經濟海域及大陸礁層法」，在領海基線外側200海里劃為經濟海域，與外國經濟海域若重疊，採中線原則處理；此舉損害台灣漁民權益，牽動釣魚台主權爭議問題。為解決漁權爭議，台日決定舉行會談，首次漁業會談在台北舉行。
--民國86年12月，第3次台日漁業會談在台北舉行，雙方協議有關漁業會談定位，不涉及釣魚台主權爭議及專屬經濟海域劃界，並由雙方事務性階層人員就漁船作業水域範圍、船數、漁獲量等議題進行洽商。
--民國89年6月，第6次台日漁業會談在東京舉行，雙方針對「雙方漁船作業情況」、「我國秋刀魚進入日本經濟海域作業要件」、「雙方經濟海域劃界原則及立法情況」等議題交換意見，但無具體結果。
--民國92年11月，行政院邀請有關部會及學者專家就台日菲重疊的專屬經濟海域範圍與相關問題進行研議，核定「中華民國第一批專屬經濟海域暫定執法線」。
--民國94年7月，第15次台日漁業會談在東京舉行，雙方對「北緯27度以南、以北水域管理」議題立場差距甚大。這次會談同意成立「台日漁業工作小組」，設置日後經常性協商機制，以處理緊急事故或緊急救難協助等。
--民國97年6月，中華民國海釣船「聯合號」在釣魚台附近海域被日本海上保安廳公務船撞沉事件並扣留船長，總統府於事件發生後即發表聲明，重申堅決維護釣魚台主權的立場，外交部長立即召見日本駐台代表表達嚴正抗議，並要求日本放人、道歉及賠償。
--民國98年2月，第16次台日漁業會談在台北舉行，雙方達成4項共識，包括漁業紛爭應以理性和平的方式處理、建立漁業爭端緊急通聯機制、同意由台灣省漁會與大日本水產會就協助處理民事案件進行協商、擇期繼續進行協商。
--民國101年4月，日本東京都知事石原慎太郎提出東京都政府購買釣魚台構想。
--民國101年7月，中華保釣協會成員從新北市出發乘坐「全家福號」漁船，在海巡署艦艇的保護下前往釣魚台海域宣示主權。
--民國101年8月，中華民國總統馬英九提出「東海和平倡議」，呼籲相關各方應自我克制，不升高對立行動；應擱置爭議，不放棄對話溝通；應遵守國際法，以和平方式處理爭端；應尋求共識，研訂「東海行為準則」；應建立機制，合作開發東海資源。
--民國101年9月，日本政府召開閣僚會議，正式確定釣魚台列嶼3座島嶼「國有化」方針後，與地主簽訂買島契約。中華民國外交部長楊進添譴責抗議日方將釣魚台收歸國有，除電召駐日代表沈斯淳回台，也召見日本駐台代表，要求日方撤回決定。
--民國101年9月，以宜蘭漁民為主的「為生存、護漁權」民間保釣活動，集結75艘漁船，從南方澳漁港出發前往釣魚台海域，海巡署出動超過10艘艦艇護航；船隊隔天清晨5時進入釣魚台海域，在距離釣魚台約18海里處集結，一度逼近到距島3海里左右，海巡署、日本海上保安廳艦艇過程中以水柱互噴。
--民國101年9月，財團法人日本交流協會理事長今井正來台說明日方「國有化」釣魚台的作為，另就台日漁業會談時程、議題，及今後雙邊關係發展交換意見。
--民國101年10月，日本外務大臣玄葉光一郎向台灣釋放訊息，以「懸案」形容釣魚台爭議，呼籲避免升高對立。他並表示能體察「東海和平倡議」及「推動綱領」呈現的基本想法與精神，希望早日重啟漁業談判。
--民國101年11月，中斷近4年的台日漁業會談，在東京舉行第17次會談的首次預備性會議。
--民國102年4月10日，台日舉行第17次漁業會談，雙方簽署「台日漁業協議」，台灣漁民在釣魚台周邊海域作業範圍將較以往擴大約1400平方海里。