對此，黨政高層人士指出，李朝卿能否復職問題，早有前例可循，先前民進黨籍縣市長張花冠等人都在起訴後依法復職，主管單位立場只能依法，此事並無行政裁量的空間。南投縣府官員指出，「無罪推定」是司法首要原則，李朝卿復職也是於法有據；至於社運人士要抗議，也要依法提出集會遊行申請。
李朝卿涉嫌在一百餘件災修重建工程中索取回扣，遭羈押停職近四個月，上周全案偵結起訴後，立即行文內政部申請復職。李鴻源認為，本於「無罪推論」前提，應李朝卿同意復職，並公開表示最遲本周就會批准復職公文。未料此舉不僅引起在野黨批評，就連國民黨立委也大表不滿。
李鴻源昨天重申，內政部決策雖需考慮社會觀感，但也得依法行政，既然過去曾有數起縣市長遭起訴，最後卻無罪定讞的案例，內政部就應同意李朝卿復職，不能選擇性執法；至於李朝卿復職後可能引發的爭議，應由本人自行承擔。
李鴻源表示，他了解社會上不樂見李朝卿復職的氛圍，但內政部並非法院，而是地方制度法的主管機關，不能因檢察官的起訴而不讓李朝卿復職；他與行政院長江宜樺日前也就李朝卿復職這件事達成共識。
但李鴻源也坦言，根據目前的情況，他已不敢保證李朝卿一定能夠復職，畢竟內政部能做的就是依法行政，剩下的「政治問題」，非內政部所能主動掌控。
對於復職案引發軒然大波，縣府核心幕僚表示，申請復職是法律規定，如果不申請復職，豈非自認有罪？況且，依《刑事訴訟法》「無罪推定」原則，在判決定讞之前，不能遽然認定有罪，而依《地方制度法》規定，李朝卿當然可以、也應該申請復職。
至於施明德、紀萬生等社運人士醞釀發動抗爭，縣府表示尊重，但請依法申請集會遊行，而且如果在上班時間，請將音量降低，以免影響辦公及民眾洽公。