郭瑤琪被控在九十一年間與李清波結識後，九十五年七月，李為投標台鐵台北車站商場經營權，指示兒子李宗賢將兩萬美元裝進茶葉罐，送到官邸交給郭瑤琪，「贊助」郭兒子赴美學費。事後郭兩度在部務會報，就該招標案做出重開廠商說明會指示，有利南仁湖集團參與投標。
南仁湖公司後來考量台北車站商場需更新電力、空調及消防設備，需另斥資數億，成本太高，未參與投標。
一、二審均認定郭瑤琪有收受餽贈，但與投標案無對價關係，不構成收賄罪，判她無罪；但都指她的行為有違官箴，有依法懲戒或懲處的餘地。
全案經上訴，最高法院撤銷無罪判決，發回更審；高院更一審認定，郭收賄之後，兩度在部務會報指示台鐵，為南仁湖集團投標台北車站商場經營權案重開說明會，兩者間有對價關係，依利用職務收賄罪，判她八年徒刑。
郭不服更一審有罪判決提上訴，最高法院審理後，以「事實尚未釐清」為由，再次將案件發回高院更審。
高院更二審認為，郭瑤琪辯稱收受美金兩萬元，與自己任交通部長的職務上行為及影響力沒有關聯、無對價性，顯與一般的認知、事理及常情有違，昨仍依貪汙罪將她判處八年徒刑。