行政院大陸委員會主任秘書兼發言人吳美紅下午在例行記者會上答覆媒體時說，海峽交流基金會與大陸海峽兩岸關係協會互設辦事機構的層面及功能、法制作業等部分涉及範圍相當廣，1月下旬時兩會副秘書長層級已進行過非正式意見交換，目前雙方正針對相關議題各自持續規劃與研究。
她指出，目前兩會互設有包含安全、行政、法制、國會溝通宣導等跨機關的小組，針對兩會互設的相關安全事項評估、相關硬體設備、法律修訂、溝通宣導等問題研究規劃，並且針對大陸海協會來台設立機構，已依照兩岸人民關係條例第6條訂定專法，處理機構許可與管理事宜，希望能在4月底之前送到立法院。
吳美紅說，針對兩會互設的各小組討論是持續性的，若有外界關心、需要研究評估的議題，小組有責任納入討論，也會視情況需要增設其他跨機關小組處理問題。