巴西媒體報導，從2003年已故阿根廷總統基西納（Nestor Kirchner）掌權起，阿根廷政府與天主教會的關係就趨向緊張，直到2010年國會通過同性婚姻合法化達到顛峰。
伯格里奧一直認為，天主教會應積極參與政治社會體制改革，質疑所有涉及民生的重要議題，他的態度讓阿根廷政府非常頭痛，甚至被基西納指為「反動分子」。
基西納的妻子費南德茲（Cristina Fernandez）2007年掌權後，嘗試拉近政府與天主教會間的距離。2008年，阿根廷政府與農民爆發衝突，伯格里奧居中協調，化解危機，政府與天主教會的關係一度改善，但並未持久。
伯格里奧的性道德觀極為保守，堅決反對墮胎、同性婚姻和避孕措施，費南德茲積極參與通過同性婚姻運動，令政府與天主教會的關係再度破裂。
阿根廷天主教會指政府支持通過擴大同性戀者的公民權益，只是為討好部分選民。費南德茲則公開批評伯格里奧，並由政府派國會議員組成聯盟，以對抗支持伯格里奧的保守派議員。
伯格里奧也批評費南德茲政府的政治思想食古不化，可能對社會形成一種慢性病。
儘管如此，費南德茲在獲知伯格里奧當選新教宗，取名方濟一世後，仍送出她的祝福，期望天主教廷在新教宗帶領下，為全人類帶來更多福祉。