市府依照各區公所轄內人口數量多寡整併課室，其中影響最大是各區公所之農業課併入建設課，變成「經建課」或是「農業及經建課」。為此，市議員賴惠員26日召開記者會，嚴厲抨擊市府傷農苦農，市議員李坤煌、林志聰亦到場聲援，批評市府不應專斷橫行，走回頭路。
賴惠員指出，市政府以一紙公文告知各區公所進行組織編制整併，讓各區公所收到公文後不知所措，農民朋友聽到此一消息更是譁然。尤其受到衝擊的區公所高達27區，幾乎整個原台南縣的區公所都將受到影響。
賴惠員、李坤煌、林志聰等議員說，原台南縣乃農業大縣，以農業為重，早期各區公所之農業課乃由建設課分出，是因為農業政策與業務必須專業專責，所以才會增設農業課，如今又要走整併之回頭路，市府不應該有所考量，以府意凌駕農業專業，實在不是明智之舉。以南化區公所為例，截至目前為止，農業課受理民眾案件數為465件，日後農業課若整併，農民至民治中心申辦農業業務將間關千里、曠日持久，不僅苦了農民，更是傷害農民對政府信賴的情感。
賴惠員等議員表示，市府不應該為了政策執行，而廣泛的侵害農民的權益。區公所課室之編制有其存在的價值與專業，市府一方面要推動農漁產業，一方面又要整併農業專責單位；區所整併後之衝擊可想而知，課長員額將因區所整併而減少、農漁業務將式微凋零、農業政策將有窒礙難行之虞、市民服務成效將大打折扣。企盼市府對區所整併政策，應以民意與專業為依歸，共同創造市府、公所、市民3贏局面。