日本自衛省去(2012)年初選定美國F-35隱形戰機作為航空自衛隊下一代戰機，預計採購42架F-35。不過，日本媒體報導指出，採購F-35存有許多問題，恐加劇日美之間的分歧。
《日本經濟新聞》網站報導，F-35由美國、英國等9個國家共同開發，其特點是具備雷達匿蹤能力，難被雷達偵測到。日本計畫購買42架。基於建立運用基礎和培育日本國內國防產業的觀點，日本負責機身的最終組裝和約40%的零部件製造；在2014年度預算案中已經提撥830億日元(約新台幣256億元)經費採購。
但是《日本經濟新聞》報導稱，採購F-35有許多問題。首先是採購價格，當初原定為每架99億日圓(約32.5億新台幣)，但由於在研發階段屢次發現故障和美軍延遲採購等因素，使得2012年6月簽署採購協議時，日本必須以每架102億日元引進4架。而在下一年度預算案中，將以299億日圓採購2架F-35。
價格之所以上漲，美國的理由是向日本輸送零件的體系，以及培訓日本組裝人員的所花費的人工費用等將出現增加。
另一個問題在性能方面。美國五角大樓於2013年1月向國會提交的2012會計年度報告顯示，交付日本的F-35恐怕無法搭載近距離空戰不可或缺的空對空飛彈。
近期，日本自衛隊頻頻因為中國大陸飛機「入侵」而緊急起飛攔截。一旦F-35的性能無法滿足日方要求，恐將令人擔憂。日本防衛省官員表示，日本曾敦促美方「運交符合日本方面要求的機身」，但沒有得到回覆。
最後，由於日本政府在2011年放寬了「武器出口三原則」，設置了「國際共同開發有助於日本安全保障的武器時，可以進行出口」的例外情況，向第三國轉售武器以「嚴格管理」為前提，「避免助長國際爭端升級」的基本理念仍要堅持。
在放寬「武器出口三原則」的前題下，日本能夠將生產的F-35戰機零件外銷至其他國家，但是部分F-35採購國位於衝突地區，將可能違背日本《和平憲法》精神。
文章指出，有意進口F-35的以色列與伊朗存在緊張關係，以色列亟欲打擊伊朗發展中的核設施，以色列同時可能基於防止敘利亞武器外流因素，空襲敘利亞勳軍事設施，因此日本政府相關人士認為，以色列「完全可以說是爭端當事國」。
對於武器零件可能出口至爭端當事國，日本內閣官房長官菅義偉解釋稱，目前正在討論如何調整與「武器出口三原則」的關係。分析認為，過去日美合作研發F-2戰機，因為價格過高、技術遭美國學習，曾引發日本輿論不滿，F-35採購案恐再次加劇日美之間的軍事合作分歧