台南大學表示，教育部已同意逐年編列預算共新台幣6億元，補助興建台南小巨蛋，備忘錄未失效，校方將持續和市府溝通協調。
市府下午發布新聞指出，民國99年9月台南縣市合併升格前，前台南市政府和台南大學簽訂備忘錄，南台南站副都心地區14.92公頃文教用地撥供台南大學使用（文化校區），校方必需於105年底完成興建可容納1萬5000人的小巨蛋及1.62公頃的停車場。
市府表示，教育部已確定南大文化校區及小巨蛋開發不列入南大校區建置計畫，市府和南大簽訂的備忘錄將因此失效，市府將再研議以其他方式興建小巨蛋。
南大說，教育部同意補助興建小巨蛋經費，只是未核定，備忘錄未失效。
台南市政府和南大簽訂「南台南站副都心」開發備忘錄，計畫興建台南小巨蛋後，卻只聞樓梯響，已引起質疑，市議員也曾在市議會公開質詢。