農委會主委陳保基上任後，即重新檢視、確認政府對於H5N2高病原禽流感疫情的認定標準。
家畜衛生試驗所所長蔡向榮說，除了病毒序列須是RKKR、RRKR，每個K或R都代表1個鹼基，共具備4個鹼基，且靜脈內接種致病性指數（IPVI）要大於1.2。
他說，李惠仁質疑，去（2012）年11月底澎湖爆發H5N2禽流感疫情時，病毒序列REKR、鹼基僅3個，但IPVI卻大於1.2、達1.87，是故主張往後3個鹼基就要認定為高病原。
他指出，然而之後該場半徑3公里內檢測的另一例及苗栗案例，雖然也都是只有3個鹼基，IPVI並沒有大於1.2，分別只有0.2及0.3。
蔡向榮進一步說明，鹼基確認只要2到3天就會驗出，是搶時效先認定的指標；但費時約要2週的IPVI檢驗也一定會完成，作為最終確認；無法因為一個特殊案例就改為3個鹼基，都要定義為高病原。
陳保基則是說，希望提告前能了解情況，不要浪費司法資源。