中國大陸「二一一工程」是指21世紀100所重點大學，目前共有約112所，二一一工程的學校包含大陸先前「九八五工程」的38所頂尖大學。目前台灣僅承認大陸較頂尖的41所大學學歷，包含九八五工程內的38所大學與北京體育大學、中央音樂學院和中央美術學院三所專業類學校。
102年「全國大專校院校長會議」今、明兩天在宜蘭佛光大學舉行，馬總統應邀前往致詞，不過在總統演說之前，私立大學校院協進會理事長賴鼎銘在主持開幕典禮時說，希望總統不要只致詞，應要留下來與校長對話，多傾聽校長們的心聲。
總統從善如流，致詞後在場聽取校長的意見，多名校長把握難得的機會，踴躍舉手提問，分別提出陸生來台求學現況、兩岸彼此招生是否會產生磁吸作用、產學合作、學費自主、全英語課程等議題。
總統說，擴大陸生來台求學是他未來任期中非常重要的一步，近期內政府計畫與中國大陸達成協議，希望讓目前承認的「九八五工程」大學再擴張，把「二一一工程」大學也納入，同時也考慮招收大陸專科生來台修讀二技學位，讓校園中各國學生有更多的競爭與合作機會。
他表示，在兩岸彼此招生方面，台灣的學校想去大陸辦博覽會，對岸的大學也想來台灣招生，前者幾乎台灣所有大學都贊成，後者卻不是全部的大學都願意，有人認為這樣造成的磁吸作用，反而會把台灣優良的學生吸去對岸，但隨未來兩岸交流越來越頻繁，一旦實機成熟後，兩岸招生情況或許就會回歸市場機制來決定。