人事總處說，原台北縣等縣市民國99年12月25日改制為直轄市，依「地方行政機關組織準則」規定，各改制直轄市政府編制員額總數上限總計4萬1760人。
不過，人事總處表示，考量縣市改制直轄市目的在提升業務功能，為避免改制初期大幅擴增人力造成政府財政衝擊，行政院98年12月及99年5月兩度會商相關地方政府，朝撙節方向建立控管直轄市政府員額合理成長的基本原則。
人事總處說，當時明確規範縣市改制直轄市前3年得增加的員額總數上限為2243人，並限制各改制直轄市政府編制員額總數上限為3萬5085人，較「地方行政機關組織準則」規定總數減少6675人，已相當約制。
至於各直轄市政府於各級行政機關員額配置情形，人事總處說，尊重地方自治權責。