就在立院大砍國營事業考績獎金之際，攸關政府組織精簡的組改工程也備受各界關注。即使目前組改工程完成過半，二十九個部會已有十六個部會完成組改，政府今年人事預算仍編列二二五八億元，較去年人事費增加五十二億元，形成組織精簡後，人事費飆高的奇特現象。
人事總處解釋，今年人事費增加原因包括增列國防部擴大辦理招募志願役所需經費、軍公教人員退休撫卹給付、內政部主管常備兵溢出轉服替代役、司法院及法務部主管員工薪俸晉級差額、補實及新增員額，加上新增航港局成立所需經費而調整。
不過，從機關員額來看，光計算第一類正式公務員（不含聘僱、駐衛警或工友、駕駛），已完成組改部會中，仍有高達七個部會員額增加，光是文建會升格文化部，就增加三六六人。而客委會、財政部、法務部、外交部機關名稱未改，員額同樣增多。體委會降編納入教育部體育署，員額居然從原先九十五人成長到一○三人。
研考會主委宋餘俠解釋，組改有部會整併，例如文化部合併新聞局、教育部與文建會人員，才會造成若干部會員額增多的現象。但即使若干部會員額增多，組改至今政府總額員仍減少一七九五人，呈現淨減少。
而組改工程亂象多，各部會私下串聯或遊說朝野立委，行政院已組成院級組改小組負責協商整合內部意見，行政院長陳冲昨更指示各部會，必須遵從行政院組改的整體規畫，不得自行修改送立法院審議的組織法，影響組改進度。
對於近期引發爭議的部會去留，研考會說，原內政部營建署都市道路等基礎工程業務，續留內政部辦理；營建署負責營建產業管理的職掌仍按原規畫移入交通及建設部。
研考會並表示，林務局掌理的森林、保安林經營管理，原即劃歸環境資源部成立「森林及保育署」。林業試驗所維持原隸屬農業部，讓業務運作完整。
至於原屬交通部的中央氣象局移入環境資源部；組改前，氣象局相關業務仍可由交通及建設部暫為監督。