立院預算中心報告指出，政府主管機關欠缺整體農地政策規畫，耕地面積從九十年度的八十四.九萬公頃，逐年減少至去年度僅剩八十.八萬公頃，十年期間耕地面積急遽減少約四.一萬公頃，相當驚人。
因應休耕農地漸增，農委會規畫推出「活化休耕地政策」，未來休耕補助金額將大幅縮水，但引起部分農業縣分立委反彈，甚至一度掀起「老農」和「新農」階級對立問題。
此外，工廠、加油站、非法棄置場址等汙染源毗鄰農地比比皆是，但「灌排分離」始終無法落實，導致可耕地汙染嚴重；部分農業縣市，如雲林、彰化、嘉義和屏東，過度抽用地下水，地層下陷總面積已高達五三四.四平方公里，部分耕地面積從中消失。
報告另指，為因應加入ＷＴＯ開放稻米進口，政府輔導農民辦理轉作或休耕等，導致稻米種植面積減少，產量隨之下降。為保障農民權益，農委會每年編列大筆預算補助休耕及收購稻米，卻未解決稻米產銷失衡，反而產生農田荒蕪、土壤劣變、病蟲鼠害滋生、影響灌排水設施及田埂維護等「後遺症」，導致日後復耕困難。
報告表示，十五年來，休耕補助及轉作獎勵金高達一三一三億餘元，卻無助耕地利用；國內休耕地面積又從八十六年十四萬四二九八公頃，迅速增加到去年度二十萬五三三公頃，休耕地閒置比率高達十二.四％。
預算中心批評，為活化休耕地，農委會陸續規畫連續兩期休耕，只能領一期補助款，並結合「小地主大佃農」等政策，但因政策規畫欠周詳，未與農民充分溝通，引發強烈反彈。政府未能有效引導休耕田活化，每年卻大量進口其他農糧，顯有爭議，應全面檢討現行休耕政策。