台聯黨團總召黃文玲昨召開記者會指出，馬總統過去都說兩岸是「互不承認主權，但互不否認治權」；孫亞夫卻在「一個中國」的框架下大放厥詞，嚴重侵害台灣主權。
台聯立委林世嘉指出，台北會談已結束，但孫亞夫並未依原先所申請於十二日離台，接下來還有兩週的訪台行程，移民署根本就刻意為中國官員掩護在台的非法行程。
民進黨立委陳其邁也質疑，「台北會談」名義上是學術研討會，實際上是中國想藉由「學術交流」，開啟兩岸政治談判的第一步，用心昭然若揭，馬政府不但同意孫亞夫等「學者」來台，還自欺欺人認定他們的統戰言論是「學術交流」，馬政府是渾然不覺、還是刻意為之？應給人民一個交代。
中國國台辦發言人范麗青昨在國台辦例行記者會表示，台北會談是兩岸學者首次就「強化認同互信、深化和平發展」主題展開交流，這是一個有益的嘗試。
對於前陸委會副主委游盈隆在會中呼籲中國撤除沿海飛彈、放棄以武力解決兩岸分歧，范麗青說，大陸方面一向主張，兩岸應該竭力避免再度出現骨肉同胞兵戎相見，並提出兩岸應適時針對軍事問題進行接觸交流，探討建立兩岸的軍事安全互信機制，在這過程中，雙方可以討論有關軍事部署的問題。
另外，民進黨發言人林俊憲在中常會轉述黨主席蘇貞昌的話說，民進黨表達對西藏人民爭取自由與人權的關心和支持，要求馬政府在與中國交往時，必須納入人權議題，也呼籲中國正視西藏人民的需求。