檢方指出，吳宗憲自九十五年三月一日起至九十九年擔任第十五、六屆鎮長期間，負責綜理鎮務，有核定公所發包採購案底價、預算書及遴選內外部評選委員的權力，但為牟取不法利益，於九十六年起，即與蕭允泰、薛文鈞等人，利用經辦發包公共工程機會，向廠商收取回扣。
吳宗憲等人，向有意競標或已得標的廠商索取的工程回扣為總決標金的二至三．五成，施作工程個案部分為總決標金額的三％至五％，另有部分採購案是採協議回扣。廠商得標後，依事先約定將工程回扣款交付薛文鈞，薛再轉交由扮演白手套角色的蕭允泰，交付給吳。
檢方指出，這段期間吳宗憲等人涉及的工程回扣案包括「員林鎮綜合市場振興營造為觀光夜市規畫設計勞務採購案」，回扣款為五十二萬餘元；「員林鎮光明街商圈周邊硬體建置工程」四十五萬元；「員林鎮民權街等騎樓整平工程案」六十萬元。
吳宗憲九十五年首度當選鎮長，九十八年以同額競選局面風光連任，但就職不到半年就爆發弊案一度遭收押，去年獲交保後，曾一度復職，但最後仍在去年六月辭職，遺缺經過補選，由張錦昆當選。