由於立法院正在審查民國102年度中央政府總預算案，一旦立法院朝野協商同意刪減國務機要費1000萬元，102年度國務機要費可望減至3000萬元。
總統府執行國務機要經費作業規定，本經費由總統府視實際需要編列，因此，回顧過去每年預算編列數不盡相同。
依預算書所示，前總統李登輝任內的民國87年、88年，國務機要費約為5057萬元。前總統陳水扁任內的民國90年約為4057萬元，民國91年與92年都是約5057萬元，民國93年到94年降為4800萬元，民國95年再降至3500萬元。民國96年遭立法院刪減後，一直到馬總統上任後的97年與98年，都維持3000萬元。
馬總統任內，總統府在民國98年增加編列國務機要費為4000萬元，時任總統府發言人王郁琦說，實際運作發現，國務機要費適度增加能照顧更多弱勢族群；總統兼顧國家財政與照顧需求，國務機要費未回復到過去5000萬元水準，而是4000萬元。
不過，立法院當年審查時將4000萬元國務機要費刪減200萬元，因此民國99年國務機要費為3800萬元。
民國100年與今年的國務機要費都維持總統府編列的4000萬元；總統今天宣示自願刪減1000萬元，國務機要費明年可望減至3000萬元，回到剛上任時的水準。