該方案也畫設科研經費「灰色核銷地帶」，學者配合研究需要、卻因故無法核銷的花費，授權各大學或研究機從國科會補助的研究行政管理費扣款核銷。但國科會若審核發現「灰色核銷」被濫用，也可裁定加倍扣減管理費。
官員舉例，過去有學者用科研經費購買「萬寶龍」名筆，校方同意報帳核銷，國科會查核發現後，學者仍堅稱「萬龍龍」確實配合研究使用。以前這類單據會被剔除、不准核銷；以後，若校方堅持讓學者報帳核銷，國科會不再反對，但會從學校收到的管理費中扣減繳回國科會，甚至加倍扣減或追繳三倍管理費，懲罰校方濫用「灰色核銷」。
國科會主委朱敬一強調，歷經檢調幾波大規模偵辦行動，國科會希望「計畫經費支用彈性案」即日起實施後，徹底終結學者用假發票報帳的歷史共業。
「是不是從此以後就可以保證中華民國不會再有學者用發假票報帳？這個我真的做不到！」但朱敬一說，「我們努力開闢平坦大路，讓學者們不要再冒險穿越幽暗小路！」
「計畫經費支用彈性案」最受矚目的是，開放學者每年可從每個計畫經費提撥二％，最多二萬五千元做為雜項支出，只要跟研究有關，憑單據就可核銷。例如，因研究實驗而錯過捷運或公車未班車，搭計程車回家的車資，也可用這筆錢宴請國外來台學者等。
同時，辦法也授權各大學、研究機構統籌調撥權，個別教授用不完的研究特別費額度，可調撥給其他學者使用。