林祖嘉是美國洛杉磯加州大學（UCLA）經濟學博士，除在政大執教，也是中國國民黨智庫國家政策研究基金會科技經濟組召集人。
不僅擁有深厚財經理論背景，林祖嘉長期參與總統馬英九兩岸財經政策，在實務方面也累積一定經驗。
熟識林祖嘉的國民黨人士表示，林祖嘉以專業學者身分，對兩岸經濟合作架構協議（ECFA）在內的兩岸經濟政策，有相當多論述，非常熟悉政策端，在ECFA進入下一階段，陸委會需要政策端厚實基礎作為支撐的時候，林祖嘉到任符合陸委會未來政策目標，適才適所。
林祖嘉常發表財經時事評論，如房地產、美牛議題與電價調整等，甚至撰文回應專欄作家南方朔的文章，這種「敢言」、為政策辯護的特質，也令熟識他的人印象深刻。
林祖嘉8月曾寫「搶救台灣經濟：兩岸經貿篇」，並投書媒體，具體提出如何改善兩岸經貿關係，搶救台灣經濟，包括加速開放中國大陸資金來台投資、擴大中國大陸觀光客訪台觀光等，可看出他的建議與政府規劃的政策方向一致。
正如林祖嘉在文章中的結論，「兩岸經貿發展的結果的確顯現出互補互利、互惠雙贏的結果」，他到任後，將讓兩岸經貿發展繼續走向互利互惠。