民主進步黨籍立法委員陳其邁在立法院質詢時表示，台商、台灣學生在中國大陸醫療處境、是否納入公費保險？他質疑中國對台生和中國學生有差別待遇，但王郁琦不了解對岸醫療體系，只關注陸生納入台灣全民健康保險。
王郁琦答詢時表示，這是公平與人權，「發揮台灣人道關懷的軟實力」。外籍生納健保，台灣也沒有關注其他國家是否同等對待台生，陸生沒有納保不公平，且陸生納保後，更有理由要求中國大陸。
陳其邁追問，未來若陸生納保，教育部是否要補助？王郁琦說，目前沒計劃；至於保費如何規劃，尊重主管機關，只要公平對待就好。
王郁琦答復中國國民黨籍立委王育敏質詢時也說，台灣最珍貴、驕傲的價值，就是對人的關心與溫暖，只要弱勢，就盡全力幫忙，希望大家得到公平對待，這也是他將陸生納保列入重點工作的原因。
他說，不是因中國大陸怎麼對待台生，而是台灣應關懷弱勢。陸生在台不能納保，但外籍生可以，這不公平，他不願看到不公平的事發生。
多名朝野立委也關心兩岸互設辦事機構議題，王郁琦表示，旅遊部分兩岸已設有辦事機構，經貿部分正在討論，還沒確定時程。
此外，總統馬英九昨天談到，兩岸互設辦事機構是未來兩岸工作重點；王郁琦表示，將開始研究兩岸互設辦事機構是採兩會模式（海峽交流基金會、中國大陸海峽兩岸關係協會）或要更進一步。
他說，如果採兩會模式，目前雙方已著手研究，可行性較高；如果要更進一步，難度較高。