根據判決書指出，行政院國家科學委員會向行政院呈報中科四期二林園區設計畫書，經建會邀集相關單位研商並提經委員會討論後，原則同意辦理。
國科會中部科學工業園區管理局於民國98年間檢送中科四期二林園區開發計畫給內政部審議，案經內政部區域計畫委員會專案小組會議，採與環保署環評審查委員會併行審查後，有條件通過環境影響評估審查。內政部核發許可函。
居民不服，提起訴願遭不受理後，提起行政訴訟。
台北高等行政法院審理認為，內政部未優先考量科學工業園區及工業區都有過度開發、大量閒置土地未利用的情形，沒有以鉅資開發中科四期園區的必要性。
行政法院認為，此舉將造成國土利用及國家資源的嚴重浪費，犧牲台灣糧食安全與永續發展，違反國土利用及國家資源合理配置的原則等，撤銷內政部原處分，非但未與公益相違背，更是保全重大公益。