嘉縣有水上鄉義興村嘉義地區醫療廢物處理基金會及竹崎鄉鹿滿台中榮民總醫院灣橋分院二處醫療廢棄物焚化爐，這二座焚化爐規模雖不大，日處理能力僅約一、二噸，但對疏緩嘉義、甚至國內各地醫療廢棄物，貢獻良多。
惟環保單位九十八年間進行全面性的檢測，發現這二座醫療廢棄物焚化爐廢氣排放中，戴奧辛的含量遠遠超過法令允許的標準，因有危害人體健康之虞，依法勒令停爐。
這二座醫療廢棄物焚化爐營運單位，曾嘗試提出試營運等申請，但焚化爐設備老舊，無法通過審查，仍處於停爐階段，加上附近居民嗆聲不惜流血、犧牲生命也要阻止焚化爐運轉，讓焚化爐短期難重新啟用。
這二座醫療廢棄物焚化爐業者，在縣府協助下，雖均與雲林縣日友公司訂有緊急處理合約，焚化爐停工期間，業者所代清運、處理醫療廢棄物，可運到日友處理。但環保人士仍質疑，日友焚化爐規模有限，是否有辦法消化嘉義地區龐大醫療廢棄物？也憂心醫療廢棄物一旦流向出問題，將對環境構成極大威脅，希望環保單位落實稽查。
對此，嘉縣環保局表示，醫療廢棄物處理，法令規範嚴格，業者在清除、運送及處理過程須上網申報六聯單，以利追蹤流向，環保局會加強六聯單勾稽查核，因日友在雲林縣，也會促請當地環保單位實地稽核，不讓醫療廢棄物流竄成不定時炸彈。