漁業談判主要將交涉釣魚台列嶼周邊的捕魚規定，與釣魚台主權問題分開，希望能另行簽訂漁業協定。
這是9月25日日本交流協會理事長今井正訪問台灣時，對當時的外交部長楊進添所做的提議。
讀賣報導，日本急於改善與台灣的關係，希望能牽制中國大陸與台灣在釣魚台問題上聯手。
日本和台灣目前沒有漁業協定，進入日本專屬經濟海域（EEZ）內捕魚的台灣漁船，都是取締的對象。
報導還說，自從1971年台灣開始主張擁有釣魚台主權之後，日本更加強取締，令一直把釣魚台近海當成「傳統漁場」的台灣十分不滿。
今年9月11日日本將釣魚台國有化，遭到中華民國政府強烈反彈，9月25日約40艘台灣漁船進入日本「領海」時，台灣海巡署的艦艇甚至在一旁護衛。
日本和中國大陸2000年簽署漁業協定，規定在包含釣魚台列嶼的北緯27度以南水域裡，可以不經過對方國家許可進行捕魚。
日本和同樣有主權爭議問題的南韓、俄羅斯，也都用同樣的方法簽有協定。
台日漁業談判從1996年起進行，期間中斷多次，這次也不涉及釣魚台主權問題，只進行捕魚規定等漁業交涉。
報導最後指出，雖然馬英九總統在釣魚台問題上曾表示「不會與中國大陸聯手」，但是日本政府內還是有人認為，「應該儘早去除不安」，判斷有必要儘早修復和台灣原本良好的關係，因此決定重啟中斷3年半的談判。