園區三期又稱「科三期」，用地以竹東鎮二重、三重以及部分柯湖里為範圍，面積約四百五十三公頃，早在民國七十六年就完成用地變更，準備開發。
可是地方對徵收條件有不同聲音，以致全案一直延宕。八十九年三月，竹科管理局正式函文以「無使用計畫」呈報行政院核准放棄徵收。
同年四月，負責管理的權責單位內政部營建署也行文通知，相關的計畫擬定和檢討權限從省府移撥回給縣府﹔當時的縣長林光華於是接手啟動相關程序。後續又加有寶山鄉園區保護區是否解編問題，使得全案更形複雜。
九十三年五月，園區三期用地進行都市計畫通盤檢討的公開展覽﹔因人民陳情意見眾多，所以中央、地方相關單位歷經多次審查，最後在九十四年九月被以「重新研議適當的都市計畫方案」為由退回。
期間，縣府用ＢＯＴ為本案招商，雖順利標出，卻也引爆得標商是否適格的合約糾紛且迄今未解，而這也是困住本案無法向前推動的重要原因之一。
97年都計終過關 隔年又擱置
好不容易，都市計畫主要計畫總算在九十五年五月，經內政部有條件通過。縣府根據內政部要求在三個月後二度辦理公展，結果地方民意依舊紛紜，以致中央、地方持續開會審查、協商、作問卷，直到九十七年七月中，都市計畫的主要計畫總算過關，同時開啟了設置客家休閒農業專用區的構想，留給不支持徵收的農友們選配。
接下來縣府擬妥的細部計畫，於九十八年和主要計畫一起公展，原定同年十二月廿二日提內政部大會審議。但因當時新上任的縣長邱鏡淳認為，計畫內必須增設二重交流道，才能讓地方交通系統更完善﹔而高速公路以南保護區解編案被否決後，相關地主的權益未受到保護，應一併納入考量。
如此一來，等於主要計畫內容整個要再調整，一切回到原點，又得重新來過。