報道稱，王立軍涉嫌徇私枉法、叛逃、濫用職權、受賄案9月17日至18日在四川省成都市中級人民法院第一法庭依法開庭審理。檢察機關在法庭上出示了有關証據，而王立軍自行委托的兩位律師則為之進行了辯護。法庭宣布擇期宣判。
報道指出，重慶市原副市長王立軍于2012年2月6日至7日期間私自進入美國駐成都總領事館滯留，在國內外造成惡劣影響，因涉嫌叛逃罪，他在7月22日由成都市國家安全局執行逮捕，並在8月2日偵查終結後移送檢察院審查起訴。案件在9月17日進行了閉門審理，在18日進行公開審理。成都市中級人民法院3名法官組成合議庭。被告人親屬、媒體記者、人大代表、政協委員和部分群眾旁聽了公開庭審。
公訴人指控稱，被告人王立軍身為重慶市公安局局長，違背查禁犯罪職責，徇私枉法，明知薄谷開來有故意殺人重大嫌疑而故意包庇使其不受追訴；作為掌握國家秘密的國家機關工作人員，在履行公務期間擅離崗位，叛逃外國駐華領館；濫用職權，未經批准或偽造批准手續，先後對多人使用技術偵察措施，嚴重破壞了社會主義法制，侵犯了公民的合法權益；利用職務之便，非法收受他人財物共計折合人民幣305萬余元，為他人謀取利益。所有這些行為情節嚴重，觸犯《中華人民共和國刑法》多條條款。
公訴人和辯護人在法庭上分別訊（詢）問了被告人王立軍。公訴人通過多媒體展示了物証書証、証人証言、被告人供述、視聽資料等証據，進行了舉証。被告人及其辯護人進行了質証。控辯雙方還就案件事實、証據及法律適用等問題進行了法庭辯論。
王立軍在法庭最後陳述時表示：“對檢察機關指控的犯罪，我知罪、認罪、悔罪。”他說，我的行為是犯罪行為，希望通過審判挽回和消除在國際國 內所造成的嚴重影響，同時希望通過審判警示社會，讓更多人從我身上吸取教訓。面對培養關心我的組織、社會各界和親人，我要在這里真誠地說，“對不起，真的對不起，讓你們失望了”。
王立軍私自進入美領館滯留事件發生後，公安機關對其反映的薄谷開來涉嫌殺害英國公民尼爾·伍德的問題高度重視，成立複查組，依法複查並偵破了案件。
根據記者旁聽法庭公開審理情況、媒體通氣會和辦案機關介紹，王立軍案件全過程和關鍵點如下：
徇私枉法
薄谷開來及其子薄某某與尼爾·伍德因經濟利益發生矛盾，薄谷開來認為尼爾·伍德威脅到其子人身安全。
2011年11月12日，經與薄谷開來等人商議，王立軍以尼爾·伍德涉嫌毒品犯罪為由，安排對其實施監控。
11月13日晚，薄谷開來、張曉軍（重慶市委辦公廳原工作人員、薄谷開來家中勤務人員，已判刑）在重慶市南山麗景度假酒店將尼爾·伍德投毒殺害。當晚12時許，王立軍與薄谷開來通電話，得知其在酒店與尼爾·伍德見面、喝酒等情況。
11月14日中午，薄谷開來在自己住處當面向王立軍講述了其投毒殺害尼爾·伍德的具體經過，王立軍進行了秘密錄音。
薄谷開來在証詞中說：“11月14日中午，王立軍來到‘三號樓’（薄谷開來住處），當天見到王立軍以後，我詳細告訴了他13號晚上我去見尼爾及實施投毒的過程。他讓我不要再去想這件事，今後這事和我無關了，還讓我把案件的記憶抹去。我講我有點擔心，他講過一兩個星期就好了。”
公訴人當庭出示的錄音材料顯示：該音頻資料的對話人為王立軍和薄谷開來，其談話內容為薄谷開來將毒殺尼爾·伍德的詳細過程告知王立軍。
尼爾·伍德被發現死亡後，王立軍指派與薄谷開來關系較近的重慶市公安局原副局長郭維國（已判刑）負責該案的辦理，但沒有向郭維國等辦案人員告知其所掌握的薄谷開來涉嫌殺害尼爾·伍德並有錄音証據的事實。爾後，王立軍又打電話給已到案發現場分管刑事偵查工作的副局長黃某，要求其返回單位，不再負責該案辦理工作。王立軍在供述中稱：“當時自己的私心占了主導，不想直面這個案件。”
11月16日上午，郭維國、李陽（重慶市公安局刑警總隊原總隊長，已判刑）、王鵬飛（重慶市公安局技術偵察總隊原總隊長、渝北區公安分局原 局長，已判刑）、王智（重慶市公安局沙坪壩區公安分局原常務副局長，已判刑）做出尼爾·伍德系酒後猝死的結論，王立軍未提出異議。
11月17日，王立軍主動將郭維國等人現場提取的記錄薄谷開來到過現場的酒店監控錄像硬盤交給薄谷開來。薄谷開來在証言中說：“王立軍對我說這是南山麗景酒店的監控錄像硬盤，錄像顯示我去見過尼爾以後，再也沒有其他人去過。他的意思是為了保護我。”
11月18日，尼爾·伍德尸體在當地火化。當晚，王立軍將該情況電話告知薄谷開來。張曉軍在証言中稱：“2011年11月18日晚，王立軍給我打電話讓薄谷開來來接，薄谷開來接過後說，王立軍來電話說了8個字‘化作青煙，駕鶴西去’。”
王立軍在供述中稱：“到重慶以後，我就經常去薄谷開來家。我覺得薄谷開來對我挺不錯的。我明知該案如果他殺成立，會是重大案件，但為了不得罪薄谷開來，我回避了這個案件。說句實話，這個案件如果不是牽涉到薄谷開來，我肯定會安排多管齊下，早就把這個案件查清了。”
公訴人指出，一系列証據証實：王立軍明知薄谷開來涉嫌故意殺人卻故意包庇，不去追究犯罪嫌疑人的刑事責任。
矛盾產生
雖然王立軍與薄谷開來關系密切，但並不意味著沒有矛盾。証據顯示，薄谷開來故意殺人案案發前，王立軍和她就因為種種原因產生過矛盾。
2011年8月12日，薄谷開來之子薄某某有事想見王立軍，王立軍人在重慶市區但不想見他，就讓司機說自己在萬州，結果薄某某在夜赴萬州的路上差點出了車禍，薄谷開來因此對王立軍很生氣。
薄谷開來殺人後擔心案情暴露，採取了毀証等一系列行動，王立軍對她不斷折騰、知情面不斷擴大產生不滿。
2011年12月14日，薄谷開來專門設宴，請參與案件辦理、替自己掩蓋殺人行為的公安部門工作人員吃飯。
王立軍在供述中稱，他在12月15日，也就是第二天訓斥了其中兩名工作人員。“我認為應該是我罵他們的話傳回了重慶。從去年12月14日以後，薄谷開來就跟我變臉了，接觸的時候就不一樣了，沒有以前熱情了，開始對我防備。”他說道。幾名工作人員也証實了上述情節。
2011年12月末，王立軍身邊的這幾名工作人員被非法審查，由此，他和薄谷開來的矛盾越來越大。
相關証人証言顯示，2012年1月28日，王立軍向當時的重慶市委主要負責人反映薄谷開來在案件中有重大作案嫌疑，29日上午受到其怒斥並被打了耳光。証人稱：“打了王立軍，這個矛盾就公開化了。”
矛盾激化後，王立軍當日即安排手下重新調取証人証言，妥善保管尼爾·伍德心血等關鍵物証，重新整理薄谷開來涉嫌故意殺害尼爾·伍德的証據材料，並提供了其秘密錄音資料。後又將整理的卷宗交由李陽等人轉移、保管。