立委 ︰當成自己的小金庫
民主基金會規定，補助分三大類，包含一般補助、政黨補助和獎助研究等。一般補助部分，包含國內外學術界、智庫、ＮＧＯ與其他相關單位團體，舉辦民主與人權相關活動、研討會或研究出版，可向民主基金會提出申請補助，這也是支撐許多民主與人權團體的重要補助金來源之一。
至於政黨補助部分，依立法院政黨席次比例，每年固定提撥補助保留款約三千萬元，各政黨或其所屬機構凡舉辦民主與人權相關活動，可由該黨中央提出申請。國民黨除可申領政黨補助，另以智庫名義申請「一般補助」，等於去搶其他民間團體的額度，因而出現爭議。
民主基金會︰已改列政黨補助支出
民主基金會執行長黃德福證實，去年就有基金會董事反映，指國政基金會是國民黨智庫，不該申請一般補助，後來經董事長王金平裁示，該項目已改由政黨補助支出；他強調，「現在已經沒有這個問題了」。
民進黨立委蕭美琴拿出一○○年民主基金會補助明細，質疑國家政策研究基金會一○○年以「英、日文新聞網站翻譯」名義，向民主基金會核銷一百七十七萬九千九百九十五元的補助金，且這筆補助未使用國民黨的「政黨補助」保留款，反而放在「國內一般補助」項下，排擠其他人權團體或機構的經費申請。
參與過民主基金會董事會議的民進黨立委蕭美琴與蔡煌瑯皆表示，曾在董事會議質疑這筆補助案，表明反對立場。民進黨中央聽聞此事，也直呼離譜。因為比較民進黨網站的英、日文翻譯費用，如雇用工讀生翻譯，一年也不過二十幾萬元的翻譯費用，不了解國民黨智庫需要一百七十餘萬元的經費，到底是怎麼花的？