陳水扁被控於民國97年3月總統大選後，指示幕僚，將執政8年期間國安會、國安局、國防部、外交部及調查局等單位提供的重要文件，全數打包運往位於台北市館前路的卸任總統辦公室。遭特偵組依侵占公物、隱匿公務員職務上掌管文書及違反國家機密保護法等罪起訴。
因全案牽涉國家機密，庭訊未公開。陳水扁委任律師石宜琳庭後表示，陳水扁變瘦又變黑、精神狀況差，思緒及表達不如往常有條理，且常重複字詞，扁今天全程坐著陳述，並向法官表示自己是用意志力在陳述，要捍衛自身清白。
今天庭訊從上午9時30分開始至下午約1時結束，石宜琳指出，由於陳水扁身體狀況不佳，法官諭知未來開庭以半天為原則，基本上不超過中午12時。法官於庭末諭知全案於10月17日再開庭。