P2G部分，協議中規範可透過五種途徑解決，包括「爭端雙方友好協商解決」、「由投資所在地或其上級的協調機制協調解決」、「兩岸經濟合作委員會投資工作小組協處」、「第三方調解程序」、「行政救濟或司法程序」。
經濟部解釋，有關第三方調解，是指投資人未來可提交兩岸所提出的仲裁機構或調解中心進行調解，舉例來說，台商的不動產被中國官方徵收，台商若對補償金額不滿意，則啟動調解機制。
過去受限於中國「台灣同胞投資保護法」，在P2P發生糾紛時，只能選擇陸方的仲裁機構，因此本次在P2P的最大突破，則在於爭取到第三地仲裁，不過前提是雙方合意才能進行，若商業合約已寫入大陸仲裁機構，就必須要先修約才能適用。
海基會副董事長高孔廉表示，只要雙方同意的情況下，兩岸的仲裁機構可選在第三地進行仲裁，這代表台商與大陸投資人未來只要發生商業糾紛，仲裁地可選香港、日本、美國等，但仲裁機構仍必須選擇兩岸雙方的仲裁機構。
至於在人身安全部分，並未列入正式文本，而只用「共識」呈現，讓人質疑法律效力，況且雖然共識中明定，台商遭羈押須於廿四小時內通知家屬，但若違反刑訴法「危害國家安全」、「涉嫌恐怖犯罪」，卻不適用此項範圍，等於主導權仍在中國政府；更弔詭的是，這項共識僅限台商、台商家屬及同事，如果是一般台灣遊客則須回到共同打擊犯罪機制中處理，無法獲得相同保障。
違反「危害國家安全」不適用
針對台商未能排除適用中國刑事訴訟法上述規定，國內人權團體、學者及在野黨強烈抨擊。中國海協會副會長鄭立中昨則聲稱，在兩岸關係和平發展下，台商一般不會涉及國安及恐怖犯罪，即使有個案，大陸執法機關會視情況或在家屬詢問下告知家屬。