關於張鳳強三度報核的紀錄，海軍不僅一開始未向國防部長高華柱呈報，召開記者會也未主動對外說明，只在電文曝光後才被動證實。
海軍是否刻意隱匿？軍事發言人羅紹和強調，海軍在第一時間不可能向部長詳盡報告整個來龍去脈，國防部相信海軍不會隱匿事實，因為調查結果未來還須面對監委和立委的檢驗。
此外，關於張鳳強曾在海上拍發兩封電文的時間，國防部調查結果竟和海軍日前公布的時間兜不攏。其中第二封電文拍發時間，國防部調查是晚上九點四十七分，周一由海軍司令董翔龍公布的則是晚上九點三十五分。對此國防部軍事發言人羅紹和強調以國防部調查結果為主，海軍則說是司令單純口誤。
參與調查的國防部督察室主任夏復華中將指出，調查過程張鳳強自述，在操演前七月二十四日「海上機動作戰會議」的兵棋推演中，曾向統裁部報告過，若在操演中無法抵達計畫中「北4A機動待命區」，將視狀況駛往「預備機動待命區」，或ADIZ防空識別區以外的「北1A機動待命區」。
不過張鳳強所提出的這項應變計畫，卻未獲與會的統裁部人員任何回應。
擔任國防部調查小組主任委員的副總長高廣圻上將說，張鳳強可能誤解統裁部人員沒有回應，就可依所提應變計畫進行。但這和統裁部認知不同，所有計畫還是必須經過核備。國防部作戰次長室助次張哲平說，經查一六八艦隊操演共有四個計畫，但只呈報一項計畫奉國防部核准。
調查報告並指出，張鳳強在海上曾於二十五日晚上九點十七分和四十七分，拍發兩封內容一模一樣的電文給統裁部，表示將會走出ADIZ防空識別區到「北1A機動待命區」。
海軍艦隊戰情中心曾於九點二十三分收到艦隊改變航向電文，但作戰官誤判電文未依程序上報，才會未能要求操演艦隊返航。