這次雙方所簽署的海峽兩岸投資保障和促進協議包括投資人對投資人（P2P）、投資人對政府（P2G）及政府對政府（G2G）爭端解決方式。
在P2G爭端解決，協議文本中規範可透過5種途徑解決，包括爭端雙方友好協商解決、由投資所在地或其上級的協調機制協調解決、兩岸經濟合作委員會投資工作小組協處、第三方調解程序、行政救濟或司法程序等。
第三方調解程序部分，可由投資人提交兩岸投資爭端解決機構通過調解方式解決，而兩岸投資爭端解決機構應每半年，將投資補償爭端的處理情況通報經合會投資工作小組。
經濟部表示，調解限於投資補償，我方與陸方皆會提出仲裁機構或調解中心，協議生效後，雙方將互相交換機構名單，將來若發生調解爭端，台商可選擇上述機構進行調解。
經濟部舉例，台商的不動產若在大陸被官方徵收，由於徵收要給予補償，台商若對補償金額不滿意，則啟動調解機制。
經濟部並說，調解機制在投保協議P2G 5個爭端解決方法中為最有創意，不過也是較困難的一塊。
不過因目前大陸調解機制在法制上並不完備，經濟部表示，陸方表達願意配合修法，但在修法前會先用類似台灣解釋令方式處理。
至於協處部分，經濟部表示，將透過兩岸經濟合作架構協議（ECFA）經合會的投資工作小組平台，以官方對官方精神，雙方共同在這個平台上協助處理P2G案件，但後續細節規劃還待加強。