特偵組偵辦國安密帳案，還查出尹衍樑、前國安局長殷宗文也涉案。檢方指出，劉泰英在八十八年四月間，為將國家安全局「奉天專案」基金所列「鞏案」歸墊剩餘公款七百卅五萬美金旅行支票挪移至台綜院，找來尹衍樑幫忙，並向尹謊稱該筆款項是李登輝競選總統結餘的海外捐款，請尹以其名義贈與台綜院。
尹衍樑基於與劉泰英的師生情誼允諾，並收下該筆折合新台幣約兩億三千八百萬元款項，運用多種名義開立總額兩億五千萬元支票回贈台綜院。
尹衍樑在偵查時坦承不諱，檢察官考量尹長年捐助學術、宗教及政府機購金額達六億元，且無前科、素行良好，也主動表明願繳付一千萬元緩起訴處分金，顯見確有悛悔之心，處分緩起訴；另尹衍樑涉以捐款收據逃漏稅部分，北檢調查並無發現實證。