蘇花公路山區路段改善計畫因遇上千年遺址受影響。公路總局說，蘇花改谷風隧道南口今年3月5日開挖沉澱池過程，發現有施工前未曾探測到的遺址，3月6日立即停工並提出搶救遺址計畫。
因谷風隧道位在漢本，所發現的遺址也稱為「漢本遺址」。
公路總局說，委託搶救遺址的專業研究團隊10日就會進駐現場，開始人工挖掘。根據專業團隊研究，「漢本遺址」距今約1000年左右。
公路總局說，開挖「漢本遺址」估計要到今年年底，谷風隧道南口工程前後延宕約10個月，未來是否有辦法加速趕工，讓蘇花公路如期在民國106年底通車，還無法確定。
除「漢本遺址」外，公路總局在蘇花公路整地時，就確定武塔隧道有遺址，搶救「武塔遺址」計劃也在7月23日展開，但已事先列入蘇花改施工期考量。
還有一處東澳隧道也研判有遺址，實際狀況要等隧道工程開始施工後才清楚。
蘇花改主要是改善蘇花公路山區路段道路，全長共38.4公里，共有8座隧道，其中觀音隧道與谷風隧道只相距60公尺，公路總局特別將兩隧道連在一起，長度約12.6公里，將是台灣僅次於雪山隧道的長隧道。