12年國教免試入學將在2014年上路，超額比序「多元學習表現」採計部分，不少就學區將體適能納入比序項目，有些學區甚至明訂學生體適能檢測若達到教育部金、銀、銅百分比等級就予以加分，但由於計算方式過於複雜，引起不少家長和學生恐慌。
為避免引發爭議，教育部決定下修中小學學生體適能評量標準，重新擬訂13歲至16歲的體適能門檻。以13歲的國一男生為例，原本規定學生1分鐘屈膝仰臥起坐要做滿30下才算通過、新評量標準只需完成29下就算合格；立定跳遠的標準門檻也從原本的148公分往下修正到138公分。
教育部表示，這項最新體適能標準公布後，未來4項檢測中只要2項合格就算達到中等門檻標準，希望引導各就學區參照教育部標準、從寬認定，減輕學生和家長的壓力。體育司科長蔡惠如說：『(原音)各就學區訂的東西太複雜了，這個會引起很多學生、家長很多疑慮，因為一直要加加加，有的最低3分、有的20分，所以基本上我們的想法就是說一個基本門檻，從優、從寬！』
不過，教育部也承認這項新的體適能評量標準對各就學區並無強制力，若各就學區仍堅持原有的加分採計方式，教育部也只能尊重。